Il 27 ottobre 1542 riceve la nomina a maestro di cappella nel Duomo di Savona come risulta da un atto notarile stipulato nello studio del vescovo:
SAONEN MDXXXXII, indicione XV, die XXVII Octobris. […] vobis prefacto reverendo domino Vicario presentat Vincentium Ruffum in magistrum et pro magistro dicte cantorie […].
Per la ripresa delle ostilità con Genova e la necessità di erigere nuove fortificazioni sul Priamàr, il 24 aprile 1543 si decreta la demolizione dell’antica cattedrale di S. Maria di Castello, attribuendo provvisoriamente le funzioni di cattedrale alla chiesa di S. Pietro il vecchio presso il Brandale. Con ogni probabilità, queste circostanze inducono Vincenzo Ruffo a passare al servizio della cappella musicale di S. Lorenzo a Genova agli inizi del 1544.  Tuttavia, le sue dimissioni dalla cantoria savonese saranno accolte ufficialmente quasi un anno dopo, il 15 aprile 1545.
Nel 1542 Ruffo pubblica in un’antologia (con Messe di Morales e Jachet de Mantua) la Missa Alma Redemptoris Mater, la prima Messa a stampa di un compositore italiano. Lockwood (1970) spiega che questa circostanza può essere indicazione di un rapporto Maestro / allievo, ipotesi confermata dal Paganuzzi (1991) in quanto il contatto personale tra Ruffo e Jachet de Mantua, teorizzato e così ben centrato dal Lockwood, fu invero strettissimo se lo si pensa avvenuto a Verona dove Ruffo, dal 1531 cappellano pur senza esser stato ordinato sacerdote, fungeva probabilmente da vicemaestro nella scuola accolitale e nella Cappella della Cattedrale.
Nell’agosto 1544, Ruffo è nominato cantore e maestro di cappella della cantoria della Cattedrale di S. Lorenzo in Genova per 2 anni con uno stipendio annuo di 230 lire genovesi e l’obbligo di insegnare la musica ad un ragazzo; inoltre deve impegnarsi ad ottenere la necessaria dispensa dalla Santa Sede (i regolamenti della cantoria genovese prevedevano infatti l’ordinazione sacerdotale per il maestro e i cantori).

Antonfrancesco Doni nel Dialogo della musica (Venezia 1544) tesse le lodi del madrigale di Ruffo Ma di che debbo lamentarmi ahi lasso, ponendo in bocca ad uno degli interlocutori del dialogo, queste parole: “O’ che valente huomo è questo Ruffo, non può esser [il madrigale] se non divinissimo […] da buoni musici come è Vincenzo Ruffo, non possono uscire, se non cose rare. Nel 1545, non essendo pervenuta dalla Santa Sede la necessaria dispensa, Ruffo è costretto a lasciare l’incarico di mastro di Cappella e, il 14 novembre, lo troviamo, sempre a Genova, al servizio del principe Andrea Doria fino al 12 gennaio del 1546:
Genova, Adì 3 di dicembre 1545. Musichi. Per contati a messer Vincentio Ruffo quale ha cominciato a servir per maestro di capella all 14 del passato a scudi 10 il mese.
Il servizio presso il principe Andrea Doria cesserà di lì a poco, il 12 gennaio 1546.
Nel 1547 l’Accademia Filarmonica di Verona indice il primo concorso per la nomina di Maestro di musica. Si presentano come candidati: Giovanni Nasco, fiammingo, Vincenzo Ruffo e Gabriele Martinengo, veronesi. La scelta cade su Nasco:
Essendo per la Comp[agnia] deliberato sotto adi 5 xmbre di trovar un maistro di Musica […] fu ali 9 Febr. 1547 Trattato sopra della elezione de tre persono alla comp.a per maestri di musicha, cioè messer Vincenzo Ruffo, Metregian Flamingo et Gabriel Martinengo et dopo molti ragionamenti hauti nella comp. nostra si fece eletione per comune consenso di Metregian predetto. et cossi fu achordatto per maestro dell’Acc.a nostra con salario de Ducati trenta all’Anno […].
Nonostante fosse stato scelto il musicista fiammingo, la fama di Ruffo si era diffusa e lui rimase in rapporti con i Filarmonici e il Maestro era tenuto in massima stima dai circoli più alti di tutta la città.
Dal 1547 al 1563 Ruffo è attivo a Verona in qualità di maestro di cappella del Duomo. Nel 1551 il Nasco cessa l’incarico di Maestro di musica dell’Accademia Filarmonica  per la Cattedrale di Treviso, il posto viene assegnato al Ruffo per acclamazione come si legge nel diario dell’Accademia:
neli 20 Nov.e [1551] fu elletto Maestro delle Musiche Vicenzo Ruffo uno de megliori sogetti che havessela città nostra […].
Il doppio incarico è molto impegnativo, per questo motivo il 13 giugno 1552 il Governatore dell’Accademia propone di licenziarlo (vedendosi che lui non ha hore commode per servir la Compagnia et secondo la promessa non può overnon vuo’e servirla), ma la proposta viene respinta con una certa maggioranza di voti dai Compagni, i quali certamente amici molto affezionati e devoti del Ruffo speravano che col tempo si sarebbe dedicato di più; ma il Ruffo stesso, dopo meno di un anno dalla nomina si ritira. L’ultima nota del suo salario parrebbe estendere la durata dell’incarico presso la Filarmonica all’ottobre del 1552.
Nel 1555 Vincenzo Ruffo risiede con moglie e due figli a Verona in contrada Ponte Pietra, la contrada prende il nome dall’omonimo ponte, anticamente chiamato Pons marmoreus, unico ponte romano rimasto a Verona. 
Nel 1563 termina l’incarico di maestro di cappella della Cattedrale di Verona, il periodo più lungo passato in uno stesso posto. Probabilmente la posizione di maestro di cappella e magister accolitorum gli dava buone condizioni di vita. Allo stesso tempo le sue frequenti pubblicazioni dedicate all’accademia o ai personaggi benestanti che le gravitavano attorno, gli procuravano altre ricompense.
Il 23 agosto 1563 Ruffo è nominato Maestro di cappella nel Duomo di Milano, i signori del Capitolo Metropolitano milanese deliberano di licenziare il maestro che allora dirigeva il loro Duomo, Bartolomeo Torresano; ed informati che Vincenzo Ruffo non aveva chi lo superasse in tale officio, ve lo nominarono, incominciando dalle calende del prossimo settembre, col mensile salario di lire 20. Lo stipendio non era altissimo, ma migliore di quello del suo predecessore Torresani che riceveva 12 lire al mese.
Nel 1563 termina il Concilio di Trento (iniziato nel 1545) da questo momento Ruffo abbandona la musica profana per dedicarsi interamente alla musica sacra, segno della sua esplicita adesione agli ideali della Controriforma. Il Cardinale Carlo Borromeo, Vescovo di Milano, era quasi sempre a Roma con incarichi presso la Santa Sede, segue da vicino la riforma della musica a Milano contando molto sul suo Vicario Nicolò Ormaneto e sul Maestro Ruffo. Leggiamo nelle lettere del Cardinale Borromeo al suo Vicario Ormaneto:
Da Roma a X Marzo 1565. Io desidero sopra modo, che la cosa della musica intelligibile, riesca conforme alla speranza che mi ne date, per il che vorrei, che per mio nome facesse instanza co’l Ruffo, che componesse una messa, che fosse più chiara che si potesse et mi la mandasse quà et per questo effetto vi mando l’inclusa credentiale da presentargli.
Da Roma a 31 Marzo 1565. Rev. Mons. Aspettarò la Messa del Ruffo; et se costì in Milano si trovasse don Nicola della musica Cromatica, potreste pregarlo anchor lui che ne componesse una, p[oi]che dal paragone di molti musici eccellenti si potrà far giudiciodi questa musica intelliggibile. Mi piace molto il disegno v[ost]ro di far una raccolta di madrigalihonesti, si che ogni huomo da bene li potesse cantare; et quando si potesse havere valent’huomini, che facessero la musica, sarebbe facil cosa a far che qualch’uno qui componesse le parole sopra materie spirituali et divoti.
In questo periodo la Cappella del Duomo di Milano non sta vivendo una situazione  particolarmente felice, nel 1565, Ormaneto, scrive al Cardinale – che era a Roma – descrivendo la le vicissitudini della cappella dove c’erano pochi cantori mal pagati che gradualmente se ne andavano per incarichi più remunerativi. Il Cardinale Borromeo risponde con lettera del 31 marzo 1565:
 Troppo mi è dispiaciuto, che si siano partiti quei tre cantori, come mi scrivete; et essendo carico di quei SS. Ri della Fabrica, di non lasciar patire in guasto il culto divino, dovete fare co’ loro ogni efficace istanza, che vi faccino provisione, dando ai buoni musici salario tale che si possano trattenere, considerata la qualità de tempi in che noi siamo; et tanto più accio possino comparire a gli officij divini in habito honesto con le veste etcotte loro, come vuoule la decentia et maestra di quel luogo; et in questo particolar considerarete le parole del Concilio nel fine del xij cap.o della xxiiij sessione, che danno facoltà all’Ordinario con due Canonici di provedere a simili bisogni.
Ancora il 20 aprile 1565 il Cardinale si lamenta per la tirchieria delle autorità del Duomo nel trattamento dei cantori: Troppo mi duole che i buoni Musici della Cappella del Duomo si vadano partiendo, invitati da miglior partiti, percio dovete far ogni instanza con quei SS.R.i. della Fabrica che considerato il grande inconveniente che ne segue voglinocondiscendere à dar loro qualche honesto trattenimento, et maggiorm.te ai più meritevoli.
Questo clima, il grosso lavoro che il contratto prevedeva, l’età stessa del Ruffo, sono le probabili motivazioni che spingono il Maestro a meditare di lasciare l’incarico. Già dal 1572 iniziano le trattative con Pistoia che si concludono il 3 ottobre 1572 con l’assegnazione del nuovo incarico:
[…] si decide di condurre per Maestro di Capella messer Vincentio Ruffo per tre anni con soliti salari e charico. E di più gli si facesse buono il viaggio da Milano a Pistoia. Le trattative erano iniziate a marzo come si legge negli atti dello stesso Capitolo si legge: A dì 28 Marzo 1573 […] conduxero per loro Maestro della Cappella della Musica per 3 anni da cominciarsi il dì primo d’aprile proximo 1573 lo Excellente m. Vicentio Ruffo, con salario di scudi 60 [330 lire ca., a Milano ne prendeva 240] di moneta e staia XVIII di grano e barili XVIII di vino.
Ruffo era il più famoso musicista mai impiegato nella cattedrale di Pistoia. Quanto fosse stimato in quell’ambiente può essere dedotto da una nota del 5 febbraio 1574:
[…] come essendo venuto m. Vincentio Ruffo nostro Maestro di Cappella in Capitulo ha presentato un opera di quattro messe in stampa Indiritte et dedicate a detto Capitulo. Però essendo sollennemente ra[d]unato secondo el solito detto Capitulodeliberò per suo partito di riconoscere il detto m. Vincentioper tal conto di staia dodici di grano, et Barili dodici di vino per ciascuno anno, quale s’intenda darsegli ciascuno anno stando pero in pistoia al servitio di detto Capitulo. Quale vino e grano s’intenda darsegli sopra el solito suo salario sotto nome pero di recognitione per il detto suo donativo. La quali robbe debba la sagrestia darli e pagarli ad ogni suo beneplacito.
Questa gratifica (pari ai 2/3 degli alimenti previsti dal suo salario) è probabilmente il gesto più generoso che egli abbia mai ricevuto per una dedica.
5 marzo 1574 – dedica i Salmi Suavissimi et Devotissimi ad Alessandro De’ Medici Vescovo di Pistoia.
25 giugno 1574 – Nuovi cantori vengono aggiunti secondo la lista preparata dal Maestro Vincenzo Ruffo. L’espansione delle attività della cappella dopo l’arrivo di Ruffo continuano e i canonici danno carta bianca al Maestro.
1574 novembre, il nome di Ruffo compare tra i Pistoiesi recatisi a Roma per il Giubileo e ricevuti in udienza speciale da Papa Gregorio XIII. Così riporta l’Arferuoli: Avevano [i Pistoiesi]  con loro una Musica bellissima che allora fioriva in Pistoia [Ruffo, nel pellegrinaggio a Roma, aveva non meno di 18 cantori sotto la sua direzione, più di quanti ne avesse mai avuti al Duomo di Milano] più che mai: avendo per Maestro di Cappella m. Vincenzo Ruffo huomo nominatissimo et il più valente d’Italia che detto Papa Gregorio mentre che quelli della compagnia a coppie gli baciavano il Piede, sapendo che vi era il Ruffo, disse, quando passa, ditemelo, che desidero vederlo, e quando passò, il Papa l’abbracciò e lo baciò.
Verso il 1577 l’idillio con Pistoia volge al termine, ci sono incomprensioni e i Canonici eleggono un sostituto (raccomandato dalla Granduchessa di Toscana) nel  caso però che detto m. Vincentio si parta. Seguono incomprensioni e tentativi di mediazione, ma il Ruffo, non soddisfatto dell’accondiscendenza verso la Granduchessa di Toscana, poco riguardosa verso di lui, in un’adunanza che il Capitolo tenne il 13 settembre 1577, alla presenza di tutti renuntiò la condotta altra volta fattagli dal Capitolo, e promesse servir la Chiesa per tutto il presente mese.
Dopo le dimissioni da Pistoia, Ruffo non ha immediate prospettive di lavoro e alla sua età non era facile ottenere un posto ben remunerato, l’unica possibilità che gli resta è di tornare a Verona. La lettera dedicatoria (Verona, 31-10-1578) in prefazione ai Magnificat Brevi et Aierosi dedicati al Rev. Mons. conte Marc’Antonio Della Torre Preposto del Duomo di Verona, pur nel tono formale e senza precisi riferimenti, potrebbe essere indice della sua aspirazione ad ottenere un impiego nella cattedrale che non si concretizzerà.
Il 27 agosto 1580 viene nominato Maestro di Cappella nel Duomo di Sacile.
[…] Fu posta parte nel detto Consiglio per li spettabili Proveditori […] che sia condutto per Cantore et Maestro di capella il spet. M° Vincenzo Ruffo per anni tre prossimi quali habbiano a principiar il giorno che detto Maestro Vincenzo venirà ad habitar qui in Sacile […] Nel verbale di condotta del 27-08-1580 si legge che il suo stipendio era di 24 ducati annui, 12 staia di frumento e altrettante di vino, i suoi compiti: istruire nel canto 10 zagi da essergli consegnati in polizza dal Consiglio, cantare messa grande e vespero tutte le feste comandate, presiedere nel canto alla celebrazione delle compiete quaresimali e accompagnare le processioni che, in un clima religioso ormai controriformato, avrebbero sfilato de mese in mese. Il compenso di Vincenzo Ruffo a Sacile, suddiviso tra la Fabbrica di S. Nicolò, l’Ospedale di S. Gregorio, Le Scuole del santissimo e di S. Antonio, era di 24 ducati pari a  148 lire. Al compenso in denaro si aggiungevano 12 staia di frumento e 12 urne di vino. Per fare un raffronto, il compenso che aveva a Milano era di 240 lire e a Pistoia di 330 lire.
Qualcosa di strano deve essere successo se nel 1583 il Ruffo chiede che gli venga rinnovato il contratto ma il Consiglio temporeggia.
L’8 febbraio 1583 viene battezzata a Sacile Camilla Laura figlia di Vincenzo Ruffo e donna Catarina e Vincenzo è ancora senza contratto.
L’8 ottobre 1585 viene a Sacile il Cardinale Michele Della Torre vescovo di Ceneda, egli stesso raccomandò al Consiglio il Ruffo, ed essendosi raccolto il giorno appresso il Consiglio: fu esposto come heri ritrovandosi l’Illmo S.r Michele Della Torre Dignissimo Cardinal de Ceneda quì in Sacile ricercò li Spet. Proveditori a ricondur M° Vincenzo Ruffo per Cantore e che li sarà cosa molto grata: il che considerato et molte cose dette nel detto Consiglio per gratificar detto Ill.mo Cardinale fu posta Parte che sii recondutto detto M° Vincenzo Ruffo cantore per anni tre prossimi qualli habbiano a principiar il primo giorno di Novembrio prossimo venturo con il salario solito darsi per questa spet. Comunità delli beni di S. Gregorio et della fabrichade messer S. Nicolò justa il solito. La qual parte balottata fu presa con tutti li voti prosperi.
Il 9 febbraio 1587 il Ruffo muore a Sacile. Viene sepolto nel Duomo di S. Nicolò a sinistra entrando dalla porta maggiore nella tomba dei signori Raspi. L’iscrizione sepolcrale del Ruffo viene alla luce nel 1907 mentre si eseguivano alcune riparazioni nel Duomo di Sacile. Il Consiglio si raduna il 20 febbraio, il cancelliere della Comunità registra: Nel detto Consilio fu datta notitia della morte di messer Vic.° Ruffo Cantore condutto per questo Magnifico Cons°.

Testo dell’iscrizione sepolcrale visibile nel Duomo di Sacile:
VINCENTUIS RUFFUS VERONENSIS MUSICAE PERITIA
UNIVERSAE EUROPAE NOTISSIMUS, POST LONGA
ITINERA A SACELLENSI REPUBLICA SUSCEPTUS VEROS
IN HOC TEMPLO CANENTIBUS NUMEROS DEMONSTRAVIT.
IS HOC MUNERE UT AD EXTREMUM
USQUE SENIUM EST OMNIBUS ADMIRANTIBUS
PERFUNCUS, ITA FLENTIBUS OMNIBUS DECESSIT.
CUIUS ANIMAM CUM IN COELUM EVOLANTEM
DETINERE HOMINES NON POTUERINT, CORPUS HOC
CONDIDERUN IN LOCO QUI UT OSSA ITA TANTI
VIRI MEMORIAM CONSERVARET PERENNEM ET
SACILLENSIUM BENEVOLENTIAE IN ILLUM
ESSET MONUMENTUM – MDLXXXVII –
V IDUS FEBRUARII.

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